マイクロＲＮＡ前駆体の効率的な塩基配列決定手法の開発と配列解析

日本学術振興会

科学研究費助成事業 若手研究(B)

新潟薬科大学

川野 光興

若手研究(B)

https://kaken.nii.ac.jp/file/KAKENHI-PROJECT-24710212/24710212seika.pdf

HeLa細胞で高発現している約80塩基のRNA配列リストを次世代シーケンス解析により作成し、それらRNAに相補的となる約30種類のLNA/DNAオリゴを合成した。これらのオリゴを逆転写反応液中に加え、標的となるcDNA産物の特異的な除去を行った。このようにして調整したcDNAライブラリーを次世代シーケンス解析したところ、LNA/DNAオリゴを加えないライブラリーに比べ、約10倍のpre-miRNAタグを回収することができ、ゲノムへのマップ部位も約2倍になった。これらデータを用いて詳細な解析を行ったところ、pre-miRNAの部位特異的な塩基付加や、中間産物の存在等を明らかにすることができた。